土工膜被廣泛應用的同時，逐漸又暴露出許多問題。受熱融合工藝的制約以及工藝環境的影響，熱融合過程中，土工膜普遍存在熱灼傷，特別是二布一膜構造，使得起防滲關鍵作用的土工膜缺陷難以被有效發現，并有雜質參與到熱融合過程，形成斑塊。
根據實際調查，廠家在材料檢測中發現，土工膜與土工布熱融合過程中，土工布纖維質一般進入土工膜內0.1mm以上。二布一膜結構，因膜體兩側均需熱融合，土工膜有效厚度將損失0.2mm以上。一卷土工膜幅寬6m、長60m，可允許每180m2土工膜出現一個穿孔修復點、10個雜質和僵塊。某水庫防滲面積504萬m2，即允許出現28000 個穿孔修復點、28萬個雜質和僵塊。
目前，土工膜熱融合焊接技術已得到長足發展，雙軌自動焊接得到普遍應用。但是受施工環境影響，過熱焊、低熱焊時有發生。前者會導致焊縫物理力學指標嚴重低于土工膜母材，后者會導致焊接不嚴而漏水漏氣。更為嚴重的是，防滲整體由大量分體拼接，雙軌自動焊接在眾多的分體“十”字節點與“丁”節點處難以滿足質量要求，對于這種缺陷通常采用手持熱風機人工補強，容易導致焊縫熱熔度過低、過高，成為防滲體系薄弱點，效果難以評價。